Kabupaten Flores Timur memiliki 2 Rumah Sakit yang dikelolah oleh Pemerintah yaitu Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) dr. Hendrikus Fernandez Larantuka dan Rumah Sakit Pratama Adonara di Desa Saosina – Adonara Timur.

Kabupaten Flores Timur memiliki 21 Puskesmas, yang tersebar di semua kecamatan.

Pemerintah Kabupaten Flores Timur terdiri atas 30 OPD, dengan rincian: 20 Dinas, 7 Badan, 2 Sekretariat dan 1

Kabupaten Flores Timur terdiri atas 19 Kecamatan yang menyebar di 3 Pulau, 8 Kecamatan di Pulau Flores, 8 Kecamatan di Pulau Adonara dan 3 Kecamatan di Pulau Solor.

Kabupaten Flores Timur terdiri atas 229 Desa dan 21 Kelurahan, dengan rincian: 72 Desa di Pulau Flores, 121 Desa di Pulau Adonara dan 36 Desa di Pulau Solor. Sedangkan untuk Kelurahan terdapat 18 Kelurahan di Kecamatan Larantuka, 2 Kelurahan di Kecamatan Adonara Timur dan 1 Kelurahan di Kecamatan Solor Barat.