Kabupaten Flores Timur dibentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor : 69 tahun 1958 tentang Pembentukan Daerah-Daerah Tk II dalam wilayah Daerah-Daerah Tingkat I Bali, NTB dan NTT. Undang-Undang tersebut ditetapkan tanggal 20 Desember 1958 sehingga setiap tanggal 20 Desember diperingati sebagai Hari Ulang Tahun Kabupaten Flores Timur. Pada awal pembentukan Kabupaten Flores Timur terdiri dari 8 Kecamatan yaitu :

1. Kecamatan Lomblen Timur    Ibukota: Hadakewa
2. Kecamatan Lomblen Barat     Ibukota: Boto
3. Kecamatan Solor                      Ibukota: Pamakayo
4. Kecamatan Adonara Timur    Ibukota: Waiwerang
5. Kecamatan Adonara Barat      Ibukota: Waiwadan
6. Kecamatan Larantuka             Ibukota: Larantuka
7. Kecamatan Wulanggitang       Ibukota: Boru
8. Kecamatan Tanjung Bunga    Ibukota: Waiklibang

Pada tahun 1964, terjadi pemekaran Kecamatan di Lomblen (Lembata) dan Solor yaitu : Kecamatan Lomblen Timur dimekarkan menjadi 4 kecamatan yaitu :

1. Kecamatan Omesuri      Ibukota: Balauring
2. Kecamatan Buyasuri     Ibukota: Wairiang
3. Kecamatan Ile Ape     Ibukota: Waipukan
4. Kecamatan Lebatukan    Ibukota: Hadakewa

Kecamatan Lomblen Barat dimekarkan menjadi 2 Kecamatan yaitu:

1. Kecamatan Atadei       Ibukota: Waiteba
2. Kecamatan Nagawutung   Ibukota : Boto

Kecamatan Solor dimekarkan menjadi 2 Kecamatan yaitu:

1. Kecamatan Solor Timur   Ibukota: Menanga
2. Kecamatan Solor Barat   Ibukota: Ritaebang

Dengan pemekaran tersebut maka jumlah kecamatan di Kabupaten Flores Timur menjadi 13 Kecamatan yaitu:

1.  Kecamatan Wulanggitang      Ibukota : Boru
2.  Kecamatan Larantuka         Ibukota : Larantuka
3.  Kecamatan Tanjung Bunga     Ibukota : Waiklibang
4.  Kecamatan Adonara Timur     Ibukota : Waiwerang
5.  Kecamatan Adonara Barat     Ibukota : Waiwadan
6.  Kecamatan Solor Timur       Ibukota : Menanga
7.  Kecamatan Solor Barat       Ibukota : Ritaebang
8.  Kecamatan Nagawutung        Ibukota : Boto
9.  Kecamatan Atadei            Ibukota : Waiteba
10. Kecamatan Lebatukan         Ibukota : Hadakewa
11. Kecamatan Ile Ape           Ibukota : Waipukan
12. Kecamatan Omesuri           Ibukota : Balauring
13. Kecamatan Buyasuri          Ibukota : Wairiang

Pada tahun 1999, ditetapkan UU no 52 tahun 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Lembata dan diresmikan oleh Gubernur NTT pada tahun 1999, maka Kabupaten Flores Timur terdiri hanya terdiri dari pulau Solor, Adonara dan Flores Timur Daratan dan Kecamatan terdiri dari

1.  Kecamatan Wulanggitang      Ibukota : Boru
2.  Kecamatan Larantuka         Ibukota : Larantuka
3.  Kecamatan Tanjung Bunga     Ibukota : Waiklibang
4.  Kecamatan Adonara Timur     Ibukota : Waiwerang
5.  Kecamatan Adonara Barat     Ibukota : Waiwadan
6.  Kecamatan Solor Timur       Ibukota : Menanga
7.  Kecamatan Solor Barat       Ibukota : Ritaebang

Pada tahun 2001, dengan Peraturan Daerah Kabupaten Flores Timur No.7 tahun 2001 tentang Peningkatan Status kecamatan pembantu menjadi kecamatan definitif maka jumlah kecamatan di Kabupaten Flores Timur menjadi 13 Kecamatan terdiri dari :

1.  Kecamatan Wulanggitang      Ibukota : Boru
2.  Kecamatan Larantuka         Ibukota : Larantuka
3.  Kecamatan Tanjung Bunga     Ibukota : Waiklibang
4.  Kecamatan Adonara Timur     Ibukota : Waiwerang
5.  Kecamatan Adonara Barat     Ibukota : Waiwadan
6.  Kecamatan Solor Timur       Ibukota : Menanga
7.  Kecamatan Solor Barat       Ibukota : Ritaebang
8.  Kecamatan Titehena          Ibukota : Lato
9.  Kecamatan Ile Mandiri       Ibukota : Lewohala
10. Kecamatan Wotan ulumado     Ibukota : Baniona
11. Kecamatan Ile Boleng        Ibukota : Senadan
12. Kecamatan Witihama          Ibukota : Witihama
13. Kecamatan Kelobagolit       Ibukota : Pepakelu

Dengan Peraturan Daerah Kabupaten Flores Timur No.2 tahun 2006 tentang Pembentukan Kecamatan Baru maka jumlah kecamatan di Kabupaten Flores Timur menjadi 18 Kecamatan terdiri dari :

1.  Kecamatan Wulanggitang      Ibukota : Boru
2.  Kecamatan Ile Bura          Ibukota : Lewotobi
3.  Kecamatan Titehena          Ibukota : Lato
4.  Kecamatan Demon Pagong      Ibukota : Lewokluok
5.  Kecamatan Larantuka         Ibukota : Larantuka
6.  Kecamatan Ile Mandiri       Ibukota : Lewohala
7.  Kecamatan Lewolema          Ibukota : Kawaliwu
8.  Kecamatan Tanjung Bunga     Ibukota : Waiklibang
9.  Kecamatan Solor Barat       Ibukota : Ritaebang
10. Kecamatan Solor Timur       Ibukota : Menanga
11. Kecamatan Wotan Ulumado     Ibukota : Baniona
12. Kecamatan Adonara Barat     Ibukota : Waiwadan
13. Kecamatan Adonara Tengah    Ibukota : Lewobele
14. Kecamatan Adonara Timur     Ibukota : Waiwerang
15. Kecamatan Ile Boleng        Ibukota : Senadan
16. Kecamatan Witihama          Ibukota : Witihama
17. Kecamatan Kelubagolit       Ibukota : Pepakelu
18. Kecamatan Adonara           Ibukota : Sagu

Sekarang Kabupaten Flores Timur mempunyai 19 Kecamatan dan berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Flores Timur Nomor 8 Tahun 2009 terjadi lagi pemekaran kecamatan baru, yakni Kecamatan Solor Selatan dengan ibu Kota Kecamatan Kalike.