Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Flores Timur Nomor 11 Tahun 2016, Tentang Pembentukan Dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Flores Timur.
Badan perangkat daerah terdiri atas:
Badan Perencanaan Pembangunan, Penelitian dan Pengembangan Daerah Kabupaten Flores Timur
Tugas : melaksanakan fungsi penunjang urusan Perencanaan Pembangunan, serta fungsi penunjang urusan Penelitian dan Pengembangan
Tipe : A 
Badan Keuangan Daerah Kabupaten Flores Timur
Tugas : melaksanakan fungsi penunjang urusan Keuangan
Tipe : A 
Badan Kepegawaian, Pendidikan dan Pelatihan Kabupaten Flores Timur
Tugas : melaksanakan fungsi peninjang urusan Kepegawaian, Pendidikan dan Pelatihan
Tipe : B