Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Flores Timur Nomor 11 Tahun 2016, Tentang Pembentukan Dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Flores Timur.
Dinas terdiri atas
- Dinas Pendidikan, Kepemudaan, dan Olahraga Kabupaten Flores Timur Tugas : Menyelengarakan urusan pemerintahan bidang pendidikan kepemudaan dan olahraga Tipe : A
- Dinas Pariwisata dan Kebudayaan Kabupaten Flores Timur http://pariwisata.florestimurkab.go.id Tugas : Menyelengarakan urusan pemerintahan bidang pariwisata dan urusan pemerintahan bidang kebudayaan Tipe : A
- Dinas Kesehatan Kabupaten Flores Timur http://dinkes.florestimurkab.go.id Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang kesehatan Tipe : A
- Dinas Sosial Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Sosiaol Tipe : A
- Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana, Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana serta urusan pemerintahan bidang Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Tipe : A
- Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kabupaten Flores Timur http://disdukcapil.florestimurkab.go.id Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Administrasi Kependudukan dan Pencatatan Sipil Tipe : A
- Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Pemberdayaan Masyarakat Desa Tipe : A
- Satuan Polisi Pamong Praja Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenghgarakan urusan pemerintahan bidang Ketentraman, Ketertiban Umum dan Perlindungan Masyarakat serta sub urusan Kebakaran Tipe : A
- Dinas Penanaman Modal dan pelayanan Terpadu Satu Pintu kabupaten Flores Timur http://pmptsp.florestimurkab.go.id Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu Tipe : A
- Dinas Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah Tipe : B
- Dinas Perdagangan dan Pereindustrian Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Perdagangan, urusan Pemerintahan bidang Perindustrian dan urusan pemerintahan bidang Energi dan Sumber Daya Mineral Tipe : B
- Dinas Tenaga Kerja Kabupaten Flores Timur http://disnaker.florestimurkab.go.id Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Transmigrasi Tipe : B
- Dinas Komunikasi dan Informatika Kabupaten Flores Timur https://diskominfo.florestimurkab.go.id/ Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Komunikasi dan Informatika, urusan pemerintahan bidang Persandian dan urusan pemerintahan bidang Statistik Tipe : B
- Dinas Perumahan, Kawasan Pemukiman dan Pertanahan Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Perumahan dan Kawasan Pemukiman serta urusan pemerintahan bidang Pertanahan Tipe : B
- Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Tipe : B
- Dinas Perhubungan Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Perhubungan Tipe : B
- Dinas Lingkungan Hidup Kabupaten Flores timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Lingkungan Hidup Tipe : A
- Dinas Pertanian Kabupaten Flores Timur Tugas : Menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Pertanian Tipe : A
- Dinas Ketahanan Pangan Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Pangan Tipe : B
- Dinas Perikanan Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Kelautan dan Perikanan Tipe : A
- Dinas Perpustakaan dan Kearsipan Kabupaten Flores Timur Tugas : menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang Perpustakaan dan urusan pemerintahan bidang Kearsipan Tipe : A