Kabupaten Flores Timur dibentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor : 69 tahun 1958 tentang Pembentukan Daerah-Daerah Tk II dalam wilayah Daerah-Daerah Tingkat I Bali, NTB dan NTT. Undang-Undang tersebut ditetapkan tanggal 20 Desember 1958 sehingga setiap tanggal 20 Desember diperingati sebagai Hari Ulang Tahun Kabupaten Flores Timur. Pada awal pembentukan Kabupaten Flores Timur terdiri dari 8 Kecamatan yaitu :
Pada tahun 1964, terjadi pemekaran Kecamatan di Lomblen (Lembata) dan Solor yaitu : Kecamatan Lomblen Timur dimekarkan menjadi 4 kecamatan yaitu :
Kecamatan Lomblen Barat dimekarkan menjadi 2 Kecamatan yaitu:
Kecamatan Solor dimekarkan menjadi 2 Kecamatan yaitu:
Dengan pemekaran tersebut maka jumlah kecamatan di Kabupaten Flores Timur menjadi 13 Kecamatan yaitu:
1. Kecamatan Wulanggitang Ibukota : Boru 2. Kecamatan Larantuka Ibukota : Larantuka 3. Kecamatan Tanjung Bunga Ibukota : Waiklibang 4. Kecamatan Adonara Timur Ibukota : Waiwerang 5. Kecamatan Adonara Barat Ibukota : Waiwadan 6. Kecamatan Solor Timur Ibukota : Menanga 7. Kecamatan Solor Barat Ibukota : Ritaebang 8. Kecamatan Nagawutung Ibukota : Boto 9. Kecamatan Atadei Ibukota : Waiteba 10. Kecamatan Lebatukan Ibukota : Hadakewa 11. Kecamatan Ile Ape Ibukota : Waipukan 12. Kecamatan Omesuri Ibukota : Balauring 13. Kecamatan Buyasuri Ibukota : Wairiang
Pada tahun 1999, ditetapkan UU no 52 tahun 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Lembata dan diresmikan oleh Gubernur NTT pada tahun 1999, maka Kabupaten Flores Timur terdiri hanya terdiri dari pulau Solor, Adonara dan Flores Timur Daratan dan Kecamatan terdiri dari
1. Kecamatan Wulanggitang Ibukota : Boru 2. Kecamatan Larantuka Ibukota : Larantuka 3. Kecamatan Tanjung Bunga Ibukota : Waiklibang 4. Kecamatan Adonara Timur Ibukota : Waiwerang 5. Kecamatan Adonara Barat Ibukota : Waiwadan 6. Kecamatan Solor Timur Ibukota : Menanga 7. Kecamatan Solor Barat Ibukota : Ritaebang
Pada tahun 2001, dengan Peraturan Daerah Kabupaten Flores Timur No.7 tahun 2001 tentang Peningkatan Status kecamatan pembantu menjadi kecamatan definitif maka jumlah kecamatan di Kabupaten Flores Timur menjadi 13 Kecamatan terdiri dari :
1. Kecamatan Wulanggitang Ibukota : Boru 2. Kecamatan Larantuka Ibukota : Larantuka 3. Kecamatan Tanjung Bunga Ibukota : Waiklibang 4. Kecamatan Adonara Timur Ibukota : Waiwerang 5. Kecamatan Adonara Barat Ibukota : Waiwadan 6. Kecamatan Solor Timur Ibukota : Menanga 7. Kecamatan Solor Barat Ibukota : Ritaebang 8. Kecamatan Titehena Ibukota : Lato 9. Kecamatan Ile Mandiri Ibukota : Lewohala 10. Kecamatan Wotan ulumado Ibukota : Baniona 11. Kecamatan Ile Boleng Ibukota : Senadan 12. Kecamatan Witihama Ibukota : Witihama 13. Kecamatan Kelobagolit Ibukota : Pepakelu
Dengan Peraturan Daerah Kabupaten Flores Timur No.2 tahun 2006 tentang Pembentukan Kecamatan Baru maka jumlah kecamatan di Kabupaten Flores Timur menjadi 18 Kecamatan terdiri dari :
1. Kecamatan Wulanggitang Ibukota : Boru 2. Kecamatan Ile Bura Ibukota : Lewotobi 3. Kecamatan Titehena Ibukota : Lato 4. Kecamatan Demon Pagong Ibukota : Lewokluok 5. Kecamatan Larantuka Ibukota : Larantuka 6. Kecamatan Ile Mandiri Ibukota : Lewohala 7. Kecamatan Lewolema Ibukota : Kawaliwu 8. Kecamatan Tanjung Bunga Ibukota : Waiklibang 9. Kecamatan Solor Barat Ibukota : Ritaebang 10. Kecamatan Solor Timur Ibukota : Menanga 11. Kecamatan Wotan Ulumado Ibukota : Baniona 12. Kecamatan Adonara Barat Ibukota : Waiwadan 13. Kecamatan Adonara Tengah Ibukota : Lewobele 14. Kecamatan Adonara Timur Ibukota : Waiwerang 15. Kecamatan Ile Boleng Ibukota : Senadan 16. Kecamatan Witihama Ibukota : Witihama 17. Kecamatan Kelubagolit Ibukota : Pepakelu 18. Kecamatan Adonara Ibukota : Sagu
Sekarang Kabupaten Flores Timur mempunyai 19 Kecamatan dan berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Flores Timur Nomor 8 Tahun 2009 terjadi lagi pemekaran kecamatan baru, yakni Kecamatan Solor Selatan dengan ibu Kota Kecamatan Kalike.